Agia Galini befindet sich an dem Ort, an dem in minoischer Zeit einmal die Stadt Soulia lag, eine der 100 Städte Kretas, die Homer erwähnt hat. Dies war ein Ort der Verehrung mit einem Tempel der Göttin Artemis, wo die Zeit stillstand, bis er im 7. Jahrhundert durch einen Piratenüberfall zerstört wurde. In der Kirche des Ortes kann man Reste einstiger Pracht heute noch bewundern. Die Bucht wurde später als Ankerplatz genutzt. In den Kriegen von 1821 und 1866 wurde hier Munition umgeladen, danach war es ein perfekter Umschlagplatz für Oliven. Der Ort war 1890 zum ersten Mal bewohnt. Der Name stammt von der Kaiserin von Byzanz, Athinais, die auf ihrer Reise einen schweren Sturm erlebte und die Jungfrau Maria um ruhige See (Galini) anflehte, bis sie sicher die Küste erreichte. Daraufhin beruhigte sich die See und die Kaiserin erreichte mit ihrer Besatzung sicher die Küste. Zu Ehren der Jungfrau Maria bauten sie hier eine Kirche, Agia Galini. Dort befindet sich heute der Friedhof des Dorfes.